ブラウザは、そのサイトのホスト直下（ルートパス）に favicon.ico が 設置されていることを期待してファイルを取得し、ファビコンを表示します。

GitHub Pages でホスティングしているプロジェクトページの URL と それに対応する favicon は以下の通りです。 これではプロジェクトごとに別々の favicon を表示することができません。

表示している HTML の head 内に、以下のように記述すると favicon.ico の参照先を変更することができます。